Nakon kraćeg zadržavanja u Šlirzeu, srpski patrijarh Gavrilo Dožić i vladika Nikolaj prebačeni su u Beč radi oporavka. Tu su smešteni u bedni hotel bez grejanja i tople vode. Nikolaj je dobio jednu majušnu sobicu, kao ostavu. Gestapo ih je kontrolisao stalno, i danju i noću. Odnos nemačkih stražara prema njima bio je uvek grub i arogantan. To je bila odmazda zbog toga što i dalje nisu pristajali da sarađuju sa Nemcima. Još dok su bili u Šlirzeu, Gestapo je tražio od njih da napišu jednu poslanicu srpskom narodu sa pozivom za borbu protiv komunizma. Zauzvrat, bili bi odmah pušteni. Oni su to kategorički odbili, kao i u manastiru Vojlovici u Srbiji. U Beču im je predloženo da se prihvate formiranja velikog nacionalnog komiteta sa sedištem u Ljubljani, koji bi organizovao borbu protiv jugoslovenskih partizana. I to su patrijarh i vladika odlučno odbili rečima: "Mi smo duhovne i religiozne vođe srpskog naroda, i nemamo ništa sa političkim i vojnim poslovima". Zatim su Nemci pokušali da organizuju jednu svepravoslavnu konferenciju sastavljenu od izbeglih srpskih episkopa, kojom bi rukovodili patrijarh i Nikolaj. Cilj ovog skupa bio je da se poništi jedna takva konferencija osnovana u Moskvi, koja je održana tih dana, i koja je donela deklaraciju protiv nacizma i fašizma. I taj predlog je odbijen. U Beču su patrijarha i Nikolaja posetili general Milan Nedić i Dimitrije Ljotić. Tokom razgovora izvinjavali su se i pravdali da su tokom celog rata više puta nastojali da ih oslobode iz zatvora – Nemci su uvek obećavali i uvek odlagali oslobađanje.
