Vladika Nikolaj preživeo je teška stradanja u logoru Dahau. Pritisnut godinama teškog života, oronulog zdravlja i iscrpljen dugim robijanjem, provodio je tamničke dane u logoru poput prvih hrišćanskih mučenika. Kasnije, u razgovoru, za jednu hrišćansku reviju, sa Ruskinjom Milicom Zernov, opisujući te dane, izjavio je: "U logoru je bilo ovako: Sediš u nekom uglu i ponavljaš sebi: ‘Ja sam prah i pepeo. Gospode, uzmi moju dušu!’ Duša ti se odjednom vaznosi na nebo i vidiš Boga licem k licu. Ali ne možeš da izdržiš, pa mu govoriš: ‘Nisam spreman, ne mogu, vrati me tamo!’ Zatim ponovo satima sediš i ponavljaš u sebi: ‘Ja sam prah i pepeo. Gospode, uzmi moju dušu!’ I – opet te vaznosi Gospod… Ukratko, sav život koji mi preostaje dao bih, kada bi to bilo mogućno, za jedan sat boravka u Dahauu."
Sećajući se boravka u Dahauu, pričao bi vladika često i ovo: "Prilazili su mi tamničari i, podsmevajući se, pitali me: ‘Veruješ li ti da je Isus Hristos bio Bog?’ Ne, odgovarao bih im. Oni bi na to počinjali da se smeju i da me opet zapitkuju: ‘Ti, dakle, više ne veruješ?’ Ne verujem, nego znam, glasio je moj odgovor. Oni bi, razdraženi, odmah odlazili."
Posle nekoliko meseci boravka u logoru Dahau, patrijarh i vladika premešteni su u jedno malo mesto Šlirze, južno od Minhena. Boravili su u jednoj neuglednoj gostionici na obali jezera. Zdravlje im je bilo ozbiljno narušeno. Obojica su bili potpuno fizički iscrpljeni i oronuli. Kretali su se kao senke.
