U vreme Karađorđevog ustanka 1804. godine knez Aleksa Nenadović i vojvoda Ilija Birčanin behu među prvim koji su pali u seči knezova, a zajedno sa njima i arhimandrit Rafailo, poznatiji u narodu kao Hadži Ruvim. Birčanin je sahranjen u porti manastira čiji su konaci u ustanku služili kao vojna bolnica.
U vreme Miloša Obrenovića u Ćelijama je osnovana i prva osnovna škola u Srbiji. U ovoj školi je i vladika Nikolaj Velimirović "prvi bukvar učio". Manastir je 1837. godine pretvoren u parohijsku crkvu, što je ostao do 1928, kada je pretvoren u ženski manastir.
Hadži Ruvimov krstU burnim vremenima koja nisu poštedela ni Ćelije, od manastirskih vrednosti malo je sačuvano. Među najvrednijim svetinjama danas se ističe ikona sabora Svetih arhanđela iz 1790, rad Karađorđevog vojvode Petra Nikolajevića Molera. Ovo je najstarija ikona u manastiru. Tu je i Hadži Ruvimov prestolni krst, izrezbaren u drvetu, postavljen u metalni okvir s postoljem. Hadži Ruvimov krst je podeljen s obe strane na po šest kvadrata i u svakom izrezbaren po jedan praznik Hristov. |
Manastirska crkva je posvećena arhanđelima Mihailu i Gavrilu. Ćelije su bile poznate i po biblioteci, od koje, nažalost, nije mnogo ostalo. Najstarija sačuvana knjiga je "Novaja skrižalj" ruskog patrijarha Nikona iz 17. veka. Knjigu je kupio crnogorski vladika Danilo Petrović kada je 1715. bio u Rusiji. To govori najstariji zapis na jednoj čistoj stranici posle sadržaja, koji verovatno potiče iz pera samog vladike Danila.
U manastiru Ćelije nalazi se još jedna knjiga koja ima istorijsku vrednost. To je Stari zavet na crkvenoslovenskom jeziku, koje je nekada pripadalo proti Mateji Nenadoviću.
