Odmah po okupaciji Nemci su došli u Žiču. Danima su pretresali manastir, prevrtali, prekopavali i saslušavali vladiku Nikolaja. Tražili su opremu za špijuniranje pošto su ga smatrali engleskim obaveštajcem. Dva puna meseca trajali su pretresi i saslušanja, i ništa nije pronađeno. Ipak, vladika je za naciste i dalje bio neprijatelj. Prisilili su ga da podnese ostavku na dužnost episkopa žičkog i da zatraži zamenika. Nikolaj je tada napisao čuvenu predstavku Svetom arhijerejskom saboru u kojoj traži da bude razrešen dužnosti zbog "nezdravlja". Sabor je za zamenika postavio vladiku Vikentija (Prodanova), koji je u Žiču izbegao iz Makedonije. Može se reći da je Nikolaj već u Žiči bio uhapšen. Nije mogao da se kreće svojom eparhijom, služi i propoveda, a bio je stalno pod budnim okom nemačke straže. Kako je Žiča bila blizu prometnih saobraćajnica i većih mesta, Kraljeva i Čačka, Nemci su odlučili da ga uklone iz ovog manastira. Na Petrovdan, 12. jula 1941. godine, vladiku Nikolaja su prebacili konjskim kolima iz Žiče u Ljubostinju i oko ovog manastira postavili jake straže oko manastira. Vladika je imao pravo da prošeta manastirskom portom i da obavlja bogosluženja, ali mu nije dopušteno da izlazi iz porte. Godinu i po boravka u manastirskom pritvoru iskoristio je za pisanje. Najveći problem mu je bio nabaviti hartiju, a kada je u tome uspeo, nastala su mnoga njegova poznata dela: Teodul, Srpski narod kao Teodul, Srednji sistem, Indijska pisma, Mudra igumanija ljubostinjska, Stoslov o ljubavi, Kasijana, Služba prepodobnoj materi Evgeniji, pesma u desetercu Zidanje Ljubostinje i mnoge duhovne pesme. Sa njim su u manastiru bili jeromonah Vasilije Kostić, potonji episkop žički i sinovac Jovan Velimirović, profesor bogoslovije.
