Nacisti su se posle napada četnika i partizana na Kraljevo 1941. surovo osvetili nedužnom stanovništvu. Streljano je nekoliko hiljada Kraljevčana. Čim je saznao za ovu tragediju, vladika Nikolaj je krenuo u Kraljevo, pravo kod nemačkog komandanta grada. Međutim, ovaj je naredio da se Nikolaj odmah sprovede nazad u Ljubostinju. U vreme borbi oko Kraljeva Nemci su bombardovali manastir Žiču. 
Jedna bomba srušila je veliki deo zida, a spaljen je vladičanski konak i ostale zgrade u manastiru. Vest o rušenju Žiče teško je pogodila vladiku. Danima nije izlazio iz svoje ćelije. Tugovao je i uzdisao. Utešio ga je njegov prijatelj podsetivši ga da je Žiča uvek stradala sa svojim narodom i da ne bi bilo dobro da srpski narod strada, a Žiča da ostane netaknuta. Velika nesreća zadesila je i Kragujevac. Nacisti su, ponovo za odmazdu, streljali 6.000 Kragujevčana, među kojima je bilo najviše đaka, žena i male dece. Crne vesti stizale su do vladike. On se danonoćno u svojoj sobi molio za pokoj duša postradalih i za spasenje preživelih. Često su ga zaticali kako plače i rida. Celo to područje oko Trstenika, Vrnjačke Banje, Kraljeva i Kruševca i dalje je bilo nemirno. U ovim krajevima delovale su razne oružane čete, od nedićevaca do četnika i partizana. U Levču je pod komandom nekog učitelja Badže stvorena tzv. Levačka komunistička republika. Nemci su saznali preko svojih obaveštajaca da komunisti iz Levča planiraju napad na Ljubostinju i likvidaciju vladike, ali ništa nisu preduzimali, smatrajući vladiku za svog neprijatelja. U noći 18. septembra 1941. partizanska a grupa krenula je iz Kalenića ka Ljubostinji. Međutim, za taj plan saznali su i ravnogorci. Borba je vođena cele noći i napad na Ljubostinju je odbijen.
