Među prezimenima Srba u Bosni s kraja 19. veka zabeleženi su Nišići u okolini Sarajeva, Banjaluke, Prijedora i Varcarkufa (danas Mrkonjić Grada), ali sa različitim slavama. Iz dva različita izvora, ali oba vezana za pravoslavnu crkvu, nailazimo na Ni(k)šiće koji su, izgleda, poodavno nastanjeni na prostorima Bosne i van nje.
U 17. veku, iguman manastira Rmanj (na čijoj je kadionici sačuvan zapis da je izrađena 1616. godine, što znači da je manastir podignut još ranije), u oblasti Unca u Bosanskoj Krajini, bio je Ćirilo Nikšić. On je 1642. godine lično išao caru u Beč da izmoli gradnju novog manastira jer je Rmanj bio popaljen u vreme velikih nemira na području Vojne granice (a ona je tada bila i u Dalmaciji i Lici). Molbe mu nisu uslišene, te se bratstvo Rmnja premesti u manastire Marču i Lepavinu u Slavoniji.
U oblasti Visokog u centralnoj Bosni postoji selo Nišići (ispostava Vareš) u kome je početkom 20. veka služio kao pravoslavni sveštenik g. Slavko Trninić.
M. Radeka u "Karlovačkom vladičanstvu" spominje prezime Nišić kao srpsko, sa jedinom slavom Jovandan. Još je interesantnije da P. Rađenović u monografiji Unac (gde je i grad Rmanj i istoimeni manastir), pisanoj početkom 20. veka, nigde ne navodi ovo prezime. Međutim, u Bosanskoj Krajini, u Pounju, M. Karanović beleži interesantnu grupu porodica koja je razgranata s obe strane Une, a koja potiče od nekog Nikše, vojvode doseljenog od Nikšića.
To su: Opačići, Bandići, Kljajkići, Čubrile, Ševići, Košutići, Mićići, Čavke, Bilbije i drugi. Svi slave Sv. Luku, kao i većina stanovnika Nikšićke župe. Međutim, postepenim odrođavanjem i grananjem u Bosni i Vojnoj granici, u Hrvatskoj, ove porodice su se vratile na svoje stare slave. Tako Mićići i Čubrile slave Jovandan, kao i u starom zavičaju, a to su Velika i Šekular.
Tamo opet postoji predanje da su potomci čuvenog junaka vojvode Petra Šekularca koji je živeo pre više od tri veka i bili "jovanjštaci". Njegovi direktni potomci su Vuk Ljevač, Daša i Komnen barjaktar iz narodne pesme.
