Samo šest dana posle povratka sa OI u Sidneju, 11. oktobra 2000, gde je boravio kao potpredsednik hrvatskog Olimpijskog komiteta, jedan od najboljih kanuista i sportista nekadašnje Jugoslavije ubijen je hicima iz pištolja u porodičnoj svađi u Valpovu kod Osijeka. Imao je tada svega 47 godina, a iza sebe veličanstvenu karijeru. Pored četiri zlatne, dve srebrne i tri bronzane medalje sa SP, Ljubek je osvojio i četiri olimpijske medalje – zlato i bronzu u K-1 na Igrama u Montrealu 1976. i zlato i srebro u paru sa Mirkom Niševićem na Igrama u Los Anđelesu 1984.
