Prema dokumentaciji koja je u posedu ovog lista, Ganić je zahtev za upis u državljanstvo BiH podneo 8. maja 1998. godine gde navodi da je upisan u Knjigu državljana u mestu rođenja, odnosno u Sebečevu, Novi Pazar u Srbiji.
Ministar pravde BiH Bariša Čolak rekao je odmah nakon Ganićevog hapšenja da je za procesuiranje ratnih zločina, prema Sporazumu o krivičnim stvarima, nedavno potpisanim između Srbije i BiH, presudno državljanstvo i prebivalište.
Članovi Ganićevog pravnog tima u medijima su izjavljivali da on ima samo državljanstvo BiH. U Ministarstvu civilnih poslova BiH ne postoji podatak da li je Ganić ikada ispisan iz Knjige državljana Srbije.
U Ministarstvu inostranih poslova BiH potvrdili su da je šef diplomatije Sven Alkalaj iskoristio diskreciono pravo i u julu 2007. godine i doneo odluku da Ganiću dodeli diplomatski pasoš s kojim je uhapšen u Londonu. Alkalaj je prošle nedelje rekao da nije dao diplomatski pasoš Ganiću, pišu "Nezavisne novine"
Inače, mediji su danas preneli i da je Ejup Ganić bio saradnik KOS-a, a vojna služba ga je istovremeno vodila kao austrijskog agenta s dobrim vezama u SAD i Velikoj Britaniji. Sarađivao je i sa službama arapskih zemalja koje su finansirale dolazak mudžahedina preko Agencije za pomoć trećem svetu sa sedištem u Beču, rekao je ekspert za terorizam Dževad Galijašević.
Galijašević je za beogradski "Nedeljni telegraf" rekao da postoje ozbiljne indicije da je Ganić, koji je bio za rat po svaku cenu, organizovao egzekuciju lidera SDA Alije Izetbegovićeva čim je ovaj potpisao Kutiljerov plan.
”Ganić i imam Hasan Čengić smatrali su Izetbegovića slabićem”, rekao je on.
List navodi da je Ganić 1991. godine postao politički komesar paravojne jedinice Patriotska liga, vojnog krila SDA, koja je početkom te godine počela da se tajno snabdeva oružjem. Po Ganićevim naredbama, kriminalci iz Patriotske lige 2. i 3. maja 1992. godine ubili su 42 vojnika JNA, 73 ranili, 215 zarobili.
Glavni kanal za finansiranje i opremanje islamske vojske bila je nevladina organizacija Agencija za pomoć trećem svetu, kojom je rukovodio Izetbegovićev prijatelj Sudanac doktor Fatih al Hasanein.
Nemačka kancelarija Interpola iz Visbadena i Odeljenje za terorizam Ministarstva unutrašnjih poslova Austrije još su 1995. i 1996. godine tokom istraga otkrili da je novac za džihad koji je stizao preko Agencije za pomoć trećem svetu kontrolisala mala grupa iz vrha SAD: Alija Izetbegović, Ejup Ganić, Bakir Izetbegović, Haris Silajdžić i Hasan Čengić, navodi "Nedeljni telegraf".
Posle 2001. godine u sarajevsku štampu procurio je izveštaj Federalne obaveštajno bezbednosne službe, koji je prepričana verzija podataka zapadnih službi.
"Kontrolišući više od 2,5 milijardi dolara koje je islamski svet poslao za pomoć muslimanima u BiH, grupa bošnjačkih ratnih vođa je formirala ilegalnu, izolovanu vladajuću oligarhiju, sastavljenu od tri do četiri stotine `pouzdanih osoba` u vojnim komandama, diplomatiji i vladinim službama, SDA, privatnoj partijskoj obaveštajnoj službi i nekolicine verskih dostojanstvenika", navodi se u ovom izvještaju.
Ovaj izveštaj otkriva da su evropske službe znale za "bečku šemu" arapske donacije za džihad, ali je EU zatvarala oči sve dok se nije uplašila za sopstvenu bezbednost.
Kao primer za to list navodi da je austrijska policija 1994. godine otkrila postojanje nezakonitih novčanih transakcija na računu Ambasade BiH u Beču i upozorila da će konfiskovati 60 miliona dolara ukoliko za 24 sata ne očiste račun, što je i urađeno, i to na privatne račune Hasana Čengića, Huseina Živalja, Irfana Ljevakovića, Derviša Đurđevića i Ejupa Ganića. Prema nekim informacijama, Ganić nikada nije vratio tri miliona dolara
