Manastir Prohor Pčinjski je uvek imao aktivnu ulogu u oslobodilačkim težnjama i pokretima Srba. Prvi takav ustanak odigrao se u proleće 1841. godine. kada se rasplamsao u krajevima oko Niša, Leskovca, Vranja, Kumanovske Pčinje, ali je ubrzo ugušen.
Upravo zbog tih oslobodilačkih težnji Bugarska egzarhija 1870. nasrće na manastir i uništava delove zapisa na konacima, a u pljački odnosi mnoge knjige i dokumenta. Ništa manja uloga ovog manastira nije bila ni u srpsko-turskim ratovima 1876-1878, kada je bio jedan od važnih centara ustanka.
U poslednjim danima rata, 2. februara 1878, manastir je oslobođen turske vladavine, a tri dana kasnije rat je završen primirjem.
Međutim, ono što je osvojeno oružjem, izgubljeno je voljom velikih sila na Berlinskom kongresu i pored toga što su upravo u ovom manastiru sastavljeni apeli i molbe knezu Milanu Obrenoviću i Berlinskom kongresu i održana Skupština narodnih predvodnika koja je tražila da se ovi krajevi pripoje matici Srbiji. Nažalost, opravdanim težnjama naroda nije udovoljeno, pa je i manastir ostao u Turskoj.
Takva situacija je primorala srpski narod da se samoorganizuje i započne sa borbom protiv okupatora u kojoj su svoj poseban doprinos dale komite ili četnici – prvi komandosi u svetu! Arhimandrit Metodije (Marković) s ponosom pokazuje fotografiju grupe komita načinjenu u ovom manastiru početkom 20. veka. Na poleđini se nalazi rukom sačinjen spisak svih komita koje su se našle na ovoj slici.
Siniša Antonijević u feljtonu o Stojanu Korubi, jednom od predvodnika četničkog pokreta Pčinjskog kraja tog doba, objašnjava da je organizovanje Srba ovog kraja započelo sa drugim dolaskom kapetana Živojina Rafailovića u Vranje 1899. godine.
“Potpomognut Vranjancima, Živojin je počeo da organizuje sela na granici prema Turskoj. Sva sela su bila organizovana na vojnom principu. Svi su bili vojni obveznici, starci, odrasli muškarci, žene, devojke, deca. Živojin je uz pomoć Mihajla Stevanovića Cupare i Dimitrija Stojkovića Atana, naoružao sela na granici. Tako su naoružani Vrtogoš, Buštranje, Rusce, Lepčinjce. Svako selo imalo je seosku četu kojom je komandovao seoski vojvoda. Sve što bi bilo koji stanovnik sela bilo da je muškarac, žena ili dete, primetio javljano je odmah seoskom vojvodi i predsedniku seoske opštine koji su po potrebi javljali Vranju. Te podatke je preko Živojina Rafajlovića dobijala i obaveštajna služba srpske vojske”, piše Antonijević.
Duhovna škola
Do 1881. u manastiru radi duhovna škola sa monasima i učiteljima, a iste godine se osniva srpska svetovna osnovna škola i radi sa prekidima sve do 1955. Jovan Hadži Vasiljević 1897. beleži kako su se još uvek pomicali po crkvi, kuli i odajama manastirskim mnogi drveni i olovni ostaci za štampanje i životopisanje. Takođe beleži da je u hodniku manastirskog konaka, među razbacanim knjigama, pronašao dva ispisana pergamentna lista, koji su bili ostaci spisa iz Dioskoridove “Farmakologije” i sa kojih se čitalo da je taj spis u 14. veku sa latinskog na srpski preveo Nikola Vrač. Ova dva lista okupator je spalio u porti u Prvom svetskom ratu.
Patriotski zanos Nedeljka Kovačevića
Obilazeći manastir 1878, Aleksa S. Jovanović beleži da stare i nove zgrade zaokružuju manastir i da u njima ima više od 200 odaja i to pod jednim krovom i u jednom dvorištu. Takođe beleži da u manastiru još uvek postoji jedna ručna štamparija od ižljebljenih daščica za odštampavanje crkvenih molitava, kao i ikonoreznica za ikone.
Severno od hrama 1891. sagrađen je manji konak, a u vrhu prostrane manastirske porte krajem 19. veka podignut je manji spratni konak poznat kao Mitropolija. Aleksandar Radović napominje da 1894. dolaskom za tutora manastira Nedeljka Kovačevića iz Klinovca počinje novi graditeljski ciklus tako što kupuje imanje i gradi dućane u obližnjem selu Klenike, zatim uvodi vodu u manastir, kupuje imanje u Bujanovcu gde zida prvu osnovnu školu.
“Međutim, u svom velikom patriotskom zanosu Nedeljko Kovačević čini i fatalnu grešku sprovođenjem akcije izgradnje novog hrama rušeći stari kome su tek neznatno bili napukli zidovi. Tako je uništen najveći deo srednjovekovne crkve sa vrednim živopisom, od koga su ostavljeni samo zidovi oltara, kripta sa ćivotom Svetog Prohora i južni paraklis Presvete Bogorodice. I pored protivljenja mnogih uglednih Vranjanaca, igumana Vladimira, pa i samog mitropolita Firmilijana. Tutor Nedeljko Kovačević istrajava na izgradnji novog hrama koji je završen i osvećen 1904. godine o čemu svedoči natpis na fasadi hrama”, ističe Radović.
Ovog 6. septembra napokon će biti osvećen i veliki gostinski konak koji je započet još davne 1912. na mestu bivših “Nešinih zgrada” zahvaljujući pokroviteljstvu kralja Petra Prvog Oslobodioca.
