Arhitekta Aleksandar Radović u tekstu “Manastir Sveti Prohor Pčinjski” publikovanom povodom 950 godina postojanja i 700 godina obnove ovog manastira kaže da je na 200-godišnjicu Kosovskog boja došlo do još jedne velike obnove hrama manastira kada se dograđuje i oslikava nad temeljima iz prethodnih vremena južni paraklis posvećen presvetoj Bogorodici, ali tako da se jedinstvenom svodnom i krovnom konstrukcijom nadvisuje već ranije oštećeni Milutinove crkve.
– Na taj način ponovo je sazdana velika crkva široke osnove i veće visine čemu su po svoj prilici pogodovali povoljniji odnosi sa turskim vlastima. Južni paraklis oslikan je živopisom izvanrednog kvaliteta, a sudeći po očuvanom fragmentu na istočnoj strani bila je oslikana i celokupna fasada obnovljenog, odnosno proširenog hrama. Toj tvrdnji u prilog ide i činjenica da je tokom arheoloških iskopavanja. pored spoljnih zidova crkve pronađeno mnoštvo fragmenata fresko maltera sa ostacima fresaka – navodi Radović.
Iguman manastira, arhimandrit Metodije objašnjava da je Bogorodičina kapela sagrađena i oslikana u razdoblju obnove Pećke patrijaršije od 1557. do 1614. godine, najverovatnije na samom prelazu vekova oko 1600. godine.
– Ikonostas za ovu kapelu je izrađen 1608/1609 . godine, čiji se ostaci danas čuvaju u Muzeju Severne Makedonije u Skoplju. U luneti luka na severnom zidu nalazi se scena Gostoljublja Avramskog, na kojoj su naslikana Sv.Trojica u vidu tri anđela za trpezom gde ih Sara i Avram poslužuju. Iznad ove kompozicije na unutrašnjem polju luka nalazili su se medaljoni sa dopojasnim figurama svetitelja. Danas je vidljiva samo figura svetog mučenika Prova, čija je i signatura čitljiva. Od kompozicije na severnom zidu sačuvan je samo ornament u desnom uglu luka. Nažalost, veći deo živopisa sa Bogorodičinog paraklisa uništen je prilikom obnove crkve krajem 19. veka, kada je srušen južni deo kapele i hodnik. Ipak, zidne slike očuvale su se na zapadnom i severnom zidu. Jovan Hadži-Vasiljević u svom tekstu o Manastiru Sv. Prohora Pčinjskog kazuje da je u južnom hodniku koji vodi do Bogorodičinog paraklisa video portrete zografa Damjana Dugovca i njegovih sinova Georgija i Todora iz Kratova. Verovatnije je da se radi o ktitorima Bogorodičinog paraklisa i da su zbog te zasluge dobili svoje portrete na počasnom mestu u hodniku koji vodi do paraklisa, jer praksa portretisanja zografa u srednjovekovnom i postvizantijskom slikarstvu skoro da ne postoji – ističe arhimandrit Metodije i dodaje da se slikane predstave nalaze i u hodniku ispred Bogorodičinog paraklisa i kivota, ali su i one uništene prilikom zidanja nove crkve krajem 19. veka.
– Znamo i da su neke freske oslikane oko 1686. godine, i to na osnovu zapisa na freskama patrijarha Arsenija Čarnojevića, koji je na putu za Lesnovski manastir posetio i svetilište Prohora Pčinjskog. Takođe, program ovog dela hrama može se rekonstruisati i na osnovu opisa stranih putopisaca. Oni pominju da su u ovom delu bili naslikani darodavci manastira poput Sv. Stefana Dečanskog, Sv. cara Uroša, članova porodice Branković ali i porodice već pomenutih Dukovaca – objašnjava arhimandrit Metodije.
Opremanje crkve
Istorijski izvori beleže da je u prvim decenijama 17. veka crkva opremana vrednim mobilijarom i drugom opremom: stolovima, nalonima, kadionicama…
– Nastavlja se obnova u manastiru započeta krajem prethodnog veka. Izvesni Stojko iz Oraovice izrađuje izuzetno ukrašen duborezni stol 1605/1606. godine, a već 1608/1609. jeromonah Stefan radi duborezni ikonostas od kojeg su danas sačuvane bogato ukrašene Carske dveri koje se danas nalaze u Arheološkom muzeju u Skoplju i duborezni oslikani krst sa raspećem. Isti jeromonah Stefan, petnaest godina kasnije, 1626. uradio je takođe veliko raspeće u manastiru Gračanici – otkriva Aleksandar Radović.
Buna pop Živka
U vreme Austro-turskog rata 1689-1690. godine manastir doživljava velika iskušenja, trpeći posledice sloma Austrijanaca u pohodu protiv Otomanskog carstva.
Aleksandar Radović ističe da je njihov prodor preko Niša, do Skoplja i Štipa, snažno bio podržan Karpoševim antiturskim ustankom 1689. godine oko Kratova i Kumanova.
– Bunu u oblasti Pčinje predvodio je pop Živko iz Krševice. Kada su Turci 1690. godine, pobedom kod Kačanika, zaustavili prodor Austrijanaca i povratili izgubljene teritorije, uz strahovita nasilja, pljačke i pustošenja, verovatno je i manastir vrlo teško stradao. Pošto je amnestiran od Turaka, pop Živko već 1690. godine započinje obnavljanje života u opustelom manastiru.
Snažan zemljotres
Prema istorijskim podacima, 15. februara 1755. godine manastir strada u jakom zemljotresu.
– To potvrđuju i nalazi nedavnih arheoloških iskopavanja, kada su otkriveni ostaci temeljnih zidova porušene kapije. Današnja zidana kapija je samo zapadni deo te srednjovekovne ulazne građevine koji nije porušen u zemljotresu. Daljih pedesetak godina, do kraja 18 veka, nema podataka, ali se da pretpostaviti da je manastir nesmetano živeo, bez većih promena – navodi Aleksandar Radović.
