Prvi i pravi nastavni plan i program budućeg srpskog univerziteta donet je tek 1844, tri godine pošto je Licej premešten u Beograd.
Zarad naučnog boljitka, ovaj dokument je pretresen devet godina kasnije Ustrojenijem Knjaževsko-Srbskog Liceuma. Slušaoci su mogli da se upisuju na dva odeljenja: jestestvoslovno i pravoslavije – prvo su bile tehničke nauke, a drugo pravne.
Filozovsko odeljenje je pretvoreno u “obšte” što znači da su slušaoci oba odeljenja morali prvo tu da polože ispite, pa da nastave dalje. Licej se od 1844. nalazio u Konaku kneginje Ljubice. Malena Srbija svojski se trudila na “izobraženiju mladeži na Liceumu”, ali, ponovo nije išlo. Broj đaka ne samo da se nije povećavao nego se i smanjivao. Školske 1847. bilo ih je 56, a deset godina kasnije svega 40! Veliki korak budući Beogradski univerzitet načinio je tek 24. septembra 1863. godine.
Tada je donet Zakon o ustrojstvu Velike škole. Licej je prestao da postoji, a nastala je ustanova o kojoj će pričati cela nekadašnja Srbija, jer je dala slavna imena, da se pamte i pominju: profesore Josifa Pančića, Milana Kujundžića Aberdara, Jovana Boškoovića, Gigu Geršića… i njihove studente Jovana Skerlića, Jovana Cvijića, Jašu Prodanovića, Lazu Lazarevića…
Šest punih godina trajale su pripreme za preustrojstvo Liceja da bi najzad ministar prosvete i crkvenih dela Kosta Cukić podneo Državnom sovjetu predlog projekta prema kome je trebalo da se Licej nazove Akademijom nauka i da predstavlja “najviše učilište u zemlji”. Predviđeno je i to da se na sva tri fakulteta školuju dovoljno sposobni kandidati za građevinsku i finansijsku službu i dovoljno osposobljeni filozofi za “sveukoliku prosvetnu struku i za druge službe u državnoj administraciji”.
Otvorena su tri odeljenja, Filosofsko, Tehničko i Pravno. Filozofija se proučavala tri godine, a druga dva po četiri. Slušaoci su mogli da se upišu posle završene šestogodišnje gimnazije, i to bez prijemnog ispita i bilo kakvih drugih ograničenja, pa ni u godinama života.
